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Dernière mise à jour : Mai 2018

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UMR Agroécologie

Equipe BIOCOM

Equipe BIOCOM – Distribution spatiale, dynamique et traduction fonctionnelle de la biodiversité des communautés microbiennes telluriques

 Animation : Nicolas CHEMIDLIN

L’équipe BIOCOM "Distribution spatiale, dynamique et traduction fonctionnelle de la biodiversité des communautés microbiennes telluriques" se compose actuellement de 4 chercheurs permanents, 1 personnel technique et de 2 scientifiques non permanents (1 thèses, 1 post-doc). Son projet est structuré autour de trois axes:

- le premier axe porte sur la détermination des processus et filtres de la distribution spatiale des communautés microbiennes du sol à différentes échelles (de l’agrégat au territoire national),

- le second axe vise à déterminer le rôle de la diversité microbienne dans le fonctionnement biologique du sol,

- le troisième axe, plus finalisé, a pour objectif de développer et proposer des outils/solutions opérationnels permettant aux utilisateurs des sols de pouvoir évaluer la qualité microbiologique du sol, mais aussi de déterminer comment orienter les communautés microbiennes de façon à optimiser les services agro-écosystémiques fournis par le sol.

La démarche associée repose sur le développement de concepts écologiques propres à la notion de communauté microbienne, cette dernière étant définie comme un assemblage de populations, de potentialités génétiques et d’expression de ces potentialités. D’un point de vue méthodologique, la mise en œuvre de cette démarche repose sur la caractérisation de la diversité taxonomique et fonctionnelle de ces communautés par des approches sans a priori basées sur l'analyse des acides nucléiques extraits du sol. Les dispositifs expérimentaux utilisés ciblent des modes d’usage agronomique des sols variés et intègrent différentes échelles spatiales (de l’habitat microbien au paysage) et temporelles (du temps de génération microbien à la rotation des cycles culturaux).

Les recherches réalisées dans cette équipe se positionnent donc en terme de "microbiologie environnementale" car elles visent à répondre à la fois à des questions fondamentales intéressant l’écologie microbienne (micro-biogéographie, écologie fonctionnelle…), et à d’autres plus appliquées émanant des préoccupations liées à une gestion intégrée et durable des agro-écosystèmes.

PERSONNEL

Bourgeteau-Sadet Sophie, MCF, Agrosup Dijon

Chemidlin Nicolas, MCF, Agrosup dijon

Dequiedt Samuel, IE, INRA

Maron Pierre-Alain, CR, INRA,

Nowak Virginie, TR, INRA

Ranjard Lionel, DR, INRA

Terrat Sebastien, MCF, UBFC