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Dernière mise à jour : Mai 2018

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UMR Agroécologie

TERRAT Sébastien

TERRAT Sébastien
Pôle : BIOmE
Equipe : BIOCOM
Courriel : sebastien.terrat@inra.fr
Tel : 03.80.69.30.55

Curriculum Vitae

2014- présent :Maître de Conférences (MCF) à l’IUT de DIJON AUXERRE, département Génie Biologique, rattaché à l’INRA de Dijon -  UMR 1347 Agroécologie, pôle BIOmE.

2010 – 2014 : Stage Post-doctoral, « Développement et application d’un pipeline d’analyse bioinformatique de données issues du séquençage massif de marqueurs taxonomiques afin d’étudier la diversité taxonomique des communautés microbiennes des sols », UMR 1347 Agroécologie, Plateforme GenoSol (Responsable bioinformatique).

2009 – 2010 : Assistant temporaire à l’Enseignement et à la Recherche, Laboratoire LMGE – UMR 6023 - Université Blaise Pascal – Clermont-Ferrand 2, et IUT Génie Biologique – Antenne d’Aurillac - Université d’Auvergne – Clermont-Ferrand 1.

2006 – 2010 : Doctorat d’Université, Spécialité Ecologie Microbienne (bourse MENRT) : « Nouveau design de sondes pour biopuces ADN fonctionnelles et caractérisation des capacités de biodégradation des communautés bactériennes de sols pollués par des hydrocarbures », Laboratoire LMGE – UMR 6023 - Université Blaise Pascal et Université d’Auvergne – Clermont-Ferrand 1 et 2.

Activités de Recherche

Après une thèse de doctorat soutenue en 2010 à l’Université Blaise Pascal (Clermont II) en écologie microbienne du sol et un post doctorat en bioinformatique, j’ai intégré l’UMR 1347 Agroécologie en 2014. La thématique de recherche de l’équipe BIOCOM (Distribution spatiale, dynamique et traduction fonctionnelle de la biodiversité des communautés microbiennes telluriques) est structurée autour de trois axes : le premier axe porte sur la détermination des processus et filtres de la distribution spatiale des communautés microbiennes du sol à différentes échelles (de l’agrégat au territoire national), le second axe vise à déterminer le rôle de la diversité microbienne dans le fonctionnement biologique du sol, le troisième axe, plus finalisé, a pour objectif de développer et proposer des outils/solutions opérationnels permettant aux utilisateurs des sols de pouvoir évaluer la qualité microbiologique du sol, mais aussi de déterminer comment orienter les communautés microbiennes de façon à optimiser les services agro-écosystémiques fournis par le sol. Mon implication scientifique est principalement focalisée sur les deux premiers axes de l’équipe, sur la base de mes compétences en écologie microbienne, en biologie moléculaire et en bioinformatique.

Activités d'Enseignement

Mots Clés

Publications

- Constancias F, Saby NPA, Terrat S, Dequiedt S, Horrigue W, Nowak V, Guillemin P, Biju-Duval L, Chemidlin Prevost-Boure N and Ranjard L (2015a). Contrasting spatial patterns and ecological attributes of soil bacterial and archaeal taxa across a landscape. MicrobiologyOpen. 4(3): 518-531.

- Constancias F, Terrat S, Saby NPA, Horrigue W, Villerd J, Guillemin J-P, Biju-Duval L, Nowak V, Dequiedt S, Ranjard L and Chemidlin Prevost-Boure N (2015b). Mapping and determinism of soil microbial community distribution across an agricultural landscape. MicrobiologyOpen. 4(3): 505-517.

- Tardy V, Chabbi A, Charrier X, de Berranger C, Reignier T, Dequiedt S, Faivre-Primot C, Terrat S, Ranjard L and Maron PA (2015). Land Use History Shifts In Situ Fungal and Bacterial Successions following Wheat Straw Input into the Soil. PLoS One. 10(6):e0130672.

- Terrat S, Plassart P, Bourgeois E, Ferreira S, Dequiedt S, Adele-Dit-De-Renseville N, Lemanceau P, Bispo A, Chabbi A, Maron PA and Ranjard L (2015). Meta-barcoded evaluation of the ISO standard 11063 DNA extraction procedure to characterize soil bacterial and fungal community diversity and composition. Microb Biotechnol. 8:131–142.

- Terrat S, Dequiedt S, Horrigue W, Lelièvre M, Cruaud C, Saby NPA, Jolivet C, Arrouays D, Maron PA, Ranjard L and Chemidlin Prevost-Boure N (2015). Improving soil bacterial taxa–area relationships assessment using DNA meta-barcoding.Heredity. 114: 468-475.

- David V, Terrat S, Herzine K, Claisse O, Rousseaux S, Tourdot-Maréchal R, Masneuf-Pomarede I, Ranjard L and Alexandre H (2014). High-throughput sequencing of amplicons for monitoring yeast biodiversity in must and during alcoholic fermentation. J Ind Microbiol Biotechnol. 41:811–821.

- Tardy V, Mathieu O, Lévêque J, Terrat S, Chabbi A, Lemanceau P, Ranjard L and Maron PA (2014). Stability of soil microbial structure and activity depends on microbial diversity.Environmental Microbiology Reports. 6(2):173-183.

- Constancias F, Chemidlin N, Terrat S, Aussems S, Nowak V, Guillemin JP, Bonnotte A, Biju-Duval L, Navel A, Martins J, Maron PA and Ranjard L (2013). Microscale evidence for a high decrease of soil bacterial density and diversity by cropping. Agronomy for Sustainable Development. DOI 10.1007/s13593-013-0204-3.

- Pascault N, Ranjard L, Kaisermann A, Bachar D, Christen R, Terrat S, Mathieu O, Lévêque J, Mougel C, Henault C, Lemanceau P, Péan M, Fontaine S and Maron PA (2013). Stimulation of different functional groups of bacteria by various plant residues as a driver of soil priming effect.Ecosystems. 16(5): 810-822.

- Lienhard P, Terrat S, Mathieu O, Leveque J, Prevost-Boure NC, Nowak V, Régnier T, Faivre C, Sayphoummie S, Panyasiri K, Tivet F, Ranjard L, and Maron PA (2013). Soil microbial diversity and C turnover modified by tillage and cropping in Laos tropical grassland.Environmental Chemistry Letters. 11(4): 391-398.

- Lienhard P, Terrat S, Prevost-Boure NC, Nowak C, Régnier T, Sayphoummie S, Panyasiri K, Tivet F, Mathieu O, Leveque J, Maron P-A, Ranjard L (2013). Pyrosequencing evidences the differential impact of soil disturbance and cropping intensity on soil bacterial and fungal diversity in Laos tropical grassland.Agronomy for Sustainable Development. 34:525-533.

- Terrat S, Plassart P, Thomson B, Griffiths R, Dequiedt S, Lelievre M, Regnier T, Nowak V, Bailey M, Lemanceau P, Bispo A, Chabbi A, Maron PA, Mougel C, and Ranjard L (2012). Evaluation of the ISO standard 11063 DNA extraction procedure for assessing soil microbial abundance and community structure.PLoS One.7(9):e44279.

- Zancarini A, Mougel C, Terrat S, Salon C and Munier-Jolain N (2012). Combining ecophysiological and microbial ecological approaches to assess the interaction between Medicago truncatula genotypes and the soil microbial communities. Plant and Soil.365:183–199.

- Peyretaillade E, Parisot N, Polonais V, Terrat S,  Denonfoux J, Dugat-Bony E, Wawrzyniak I, Biderre-Petit C, Mahul A, Rimour S, Gonçalves O, Bornes S, Delbac F, Chebance B, Duprat S, Samson G,  Katinka M, Weissenbach J, Wincker P and Peyret P (2012). Annotation of microsporidian genomes using transcriptional signals. Nature Communications. 3:1137.

- Terrat S, Christen R, Dequiedt S, Lelièvre M, Nowak V, Regnier T, Bachar D, Plassart P, Wincker P, Jolivet C, Bispo A, Lemanceau P, Maron PA, Mougel C, and Ranjard L. (2012). Molecular biomass and MetaTaxogenomic assessment of soil microbial communities as influenced by soil DNA extraction procedure. Microbial Biotechnology. 5(1): 135-141.

- Terrat S, Peyretaillade E, Gonçalves O, Dugat-Bony E, Gravelat F, Moné A, Biderre-Petit C, Boucher D, Troquet J, Peyret P. (2010). Detecting variants with Metabolic Design, a new software tool to design probes for explorative functional DNA microarray. BMC Bioinformatics.  11:478.

Principaux contrats

2010-2011 TAXOMIC-RMQS, projet séquençage GIS IBIZA Genoscope, ADEME 2010-2012, AIP Bioressource 2009.

2013-2014    MetaTaxomic-RMQS projet France Génomique « grand séquençage ».

Liens Externes