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31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

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UMR Agroécologie

RANJARD Lionel

RANJARD Lionel
Directeur de Recherche
Pôle : BIOmE
Equipe : BIOCOM
Courriel : lionel.ranjard@inra.fr
Tel : 03.80.69.30.88

Curriculum Vitae

Diplômes et carrières

2009 : Directeur scientifique de la plateforme GenoSol

Directeur de recherche 2eme classe, DS ECONAT, INRA

2001 : Chargé de recherche (CR1) à l’UMR de Microbiologie du Sol et de l’Environnement, INRA-UB /CMSE Dijon

1999 – 2001 : tage Post-doctoral, « La méthylation du sélénium au sein des communautés bactériennes naturelles », UMR-CNRS 5557, financement privé : sociétés Danone et Nestlé

1998-1999 : Attaché Temporaire à l'Enseignement et àla Recherche(ATER), Université Claude Bernard (Lyon 1), section 67 : biologie des populations

1995 – 1999 : Doctorat d'Ecologie Microbienne, (Bourse MRE), « Réponse des communautés bactériennes telluriques à un apport de mercure inorganique : influence de la localisation des bactéries »,Laboratoire d'Ecologie Microbienne, UMR-CNRS 5557, Université Claude Bernard (Lyon I)

Coordination de programmes de recherche

2002-2004 : « Bruit de fond biologique de l’air », Programme de recherche finalisé avec la société Bertin Technologie.

2003-2005 : « Relations entre la dynamique des populations microbiennes et la mobilité des métaux dans le sol : cas du cuivre »ACI-FNS : ECCO

2005-2007 : « ECOMIC-RMQS : application des outils d’écologie microbienne moléculaire aux sols du réseau RMQS »,ADEME Biondicateurs

2006-2009 : «ECOMIC-RMQS :Microbial-biogeography at the scale ofFranceby the use of molecular tools applied to the French soil quality monitoring network (RMQS)»,ANR Biodiversité

2006-2008 : « Mise au point de bio indicateurs fonctionnels par l’analyse du métaproteome microbien »ADEME Biondicateurs

2007-2009 : « ECOMIC-RMQS Bourgogne »CPER Etat-Région

2007-2009 : « Fonctionnalité des communautés microbiennes telluriques impliquées dans la dégradation des intrants organiques ».FABER CP Etat-Région

2008-2010 : « Mise en place d’une plateforme technologique pour la conservation et la caractérisation des ressources génétiques microbiennes des sols », HCPER 2008, 2009, AIP Base de données 2008, BQR 2008, Préciput 2008/2009.

2010-2011 : TAXOMIC-RMQS, projet séquençage GIS IBIZA Genoscope, ADEME 2010-2012, AIP Bioressource 2009.

2011-2013 : Projet AgrInnov, CASDAR 2011.

2011-2015 : Task leader “soil sampling strategy for biodiversity” in ECOFinder Progamme 7eme PCRD.

2012-2013 : Coordinateur projet FAM-Arvalis-GIS GCHV2E, Impact des pratiques agricoles sur la biologie du sol

2012-2019 : Coordinateur Nœud 4 « système analytique » projet ANAEE-S « Investissement d’Avenir » « infrastructure en biologie et santé)

2013-2014 : MetaTaxomic-RMQS projet France Génomique « grand séquençage »

Activités de Recherche

Après une thèse de doctorat soutenue en 1999 à l’université Claude Bernard (Lyon I) en écologie microbienne du sol et un post doctorat en génétique bactérienne, j’ai intégré le laboratoire de Microbiologie du Sol et de l’Environnement en 2001. Ma thématique de recherche est de mieux définir et comprendre la dynamique et l’assemblage des communautés microbiennes telluriques en fonction des perturbations environnementales. Dans ce contexte, j’ai participé au développement de nombreux outils d’écologie moléculaire permettant la caractérisation de la densité et de la diversité des communautés indigènes. Dans ce contexte, j’ai ainsi crée une équipe au sein de l’UMR MSE avec PA Maron, portant sur l’écologie des communautés microbiennes telluriques en termes de diversité taxonomique et de traduction de cette diversité en fonctionnement biologique du sol et plus largement en services écosystémiques. Après avoir étudié les variations des communautés microbiennes sur de nombreux sites expérimentaux de l’INRA ainsi que sur des expérimentations en contions contrôlées, j’ai mis en place dés 2006 une stratégie d’étude des communautés microbiennes sur les sols du RMQS (réseau de mesure de la qualité des sols, projet ECOMIC-RMQS). Une telle approche m’a permis d’intégrer les grandes échelles spatiales en écologie des communautés et ainsi d’aborder les concepts de biogéographie mais aussi d’augmenter significativement la généricité des résultats obtenus à propos de l’assemblage des communautés telluriques. En parallèle, j’ai participé à la création de la plateforme GenoSol, dont je suis le directeur scientifique, qui a permis d’augmenter significativement les capacités logistiques et techniques pour répondre aux enjeux et challenges du projet ECOMIC-RMQS. A ce jour cette plateforme représente le premier Centre de Ressource Génétique sur les sols par la conservation de plusieurs milliers de métagénomes microbiens des sols issus de grands échantillonnages (RMQS, ORE, réseaux de sites, LTO EU…). Après avoir optimisé les analyses en moyen débit de la densité et du génotypage des communautés microbiennes, la plateforme GenoSol est actuellement impliquée dans le développement d’un pipeline d’analyses bioinformatiques pour gérer les inventaires taxonomiques microbiens des sols obtenus par pyroséquençage des génes ribosomiques. Les perspectives de recherche sont d’une part, d’ordre scientifique en initiant le lien entre la diversité microbienne à grande échelle et le fonctionnement biologique du sol centré sur le cycle du carbone (projet CARBOMIC-RMQS) et d’autre part, d’ordre finalisé avec le développement de bioindicateurs microbiens de l’état biologique des sols pour une meilleure évaluation environnementale des pratiques agricoles (projet CASDAR AgrInnov, projet Bioindicatuers ADEME).

Publications

     

1-   Ranjard L, Richaume A, Jocteur Monrozier L, Nazaret S. 1997. Response of soil bacteria to Hg(II) in relation to soil characteristics and cell location. FEMS Microbiology Ecology. 24:321-331.

2-   Ranjard L, Poly F, Combrisson J, Richaume A, Nazaret S.1998. A single procedure to recover DNA from the surface or inside aggregates and in various size fractions of soil suitable for PCR-based assays of bacterial communities. European Journal of Soil Biology. 34: 89-97.

3-   Ranjard L, Poly F, Combrisson J, Richaume A, Gourbière F, Thioulouse J, Nazaret S. 2000.Heterogeneouscell density and genetic structure of bacterial pools associated with various soil microenvironments as determined by enumeration and DNA fingerprint approach (RISA). Microbial Ecology. 39:263-272.

4-   Ranjard L, Nazaret S, Gourbière F, Thioulouse J, Linet P, Richaume A. 2000. A soil microscale study to reveal the heterogeneity of Hg(II) impact on indigenous bacteria by quantification of adapted phenotypes and analysis of DNA community fingerprints. FEMS Microbiology Ecology. 31: 107-115.

5-   Ranjard L, Poly F, Nazaret S. 2000. Monitoring complex bacterial communities using culture-independent molecular techniques: application to soil environment. Research in Microbiology. 151:167-177.

6-   Ranjard L, Brothier E, Nazaret S. 2000. Sequencing bands of ribosomal Intergenic spacer analysis fingerprints for characterization and microscale distribution of soil bacterium populations responding to mercury spiking. Applied and Environmental Microbiology. 66:5334-5339.

7-   Poly F, Ranjard L, Nazaret S, Jocteur Monrozier L. 2001. Comparison of nifH gene pools between soils and between soil microenvironments of contrasting properties. Applied and Environmental Microbiology. 67:2255-2262.

8-   Ranjard L, Poly F, Lata JC, Mougel C, Thioulouse J, Nazaret S. 2001. Characterisation of bacterial and fungal soil communities by automated ribosomal intergenic spacer analysis fingerprints: biological and methodological variability. Applied and Environmental Microbiology. 67:4479-4487.

9-   Ranjard L, Prigent-Combaret C, Nazaret S, Cournoyer B. 2002. Methylation of inorganic and organic selenium by the bacterial thiopurine methyltransferase. Journal of Bacteriology. 184:3146-3149.

10- Nazaret S, Brothier E, Ranjard L. 2003. Shifts in diversity and microscale distribution of the adapted bacterial phenotypes due to Hg(II) spiking in soil. Microbial Ecology.  45:259-269.

11- Ranjard L, Nazaret S, Cournoyer B. 2003. Freshwater bacteria can methylate selenium through the thiopurine methyltransferase (bTPMT) pathway. Applied and Environmental Microbiology. 69:3784-3790.

12- Ranjard L*,  Lejon D, Mougel C, Scherer L, Merdinoglu D, Chaussod R. 2003. Sampling strategy in molecular microbial ecology: influence of soil sample size on DNA Fingerprinting analysis of fungal and bacterial communities. Environmental Microbiology. 5:1111-1120.

13- Martin-Laurent F., Cornet L., Ranjard L., López-Gutiérrez J.C., Philippot L, Schwartz C., Chaussod R., Catroux G., Soulas G. 2004. Evidence for missing links between soil microbial communities global structure, atrazine-degrading genetic potential and measured atrazine-degrading activity in three French agricultural soils. FEMS Microbiol. Ecol. 48:425-435.

14- Ranjard L, Prigent-Combaret C, Favre-Bonté S, Monnez C, Nazaret S, Cournoyer B. 2004. Characterization of a novel selenium methyltransferase from freshwater water bacteria showing strong similarities with the calicheamicin methyltransferase. Biochem. Biophys. Acta 1679:80-85.

15- Favre-Bonté S, Ranjard L, Colinon C, Prigent-Combaret C, Nazaret S, and Cournoyer B. 2005. Freshwater selenium-methylating bacterial TPMT methyltransferases: diversity and molecular phylogeny. Environ. Microbiol, 7:153-154.

16- Mohamed M, Ranjard L, Catroux C, Catroux G, Hartman A. 2005. Effect of Natamycin on the enumeration, genetic structure and composition of bacterial community isolated from soybean rhizosphere soil. Journal of Microbiological Method. 60:31-40

17- Jouquet P, Ranjard L, Lepage M and Lata JC. 2005. Incidence of fungus-growing termites (Isoptera, Macrotermitinae) on the structure of soil microbial communities. Soil Biology and Biochemistry. 37:1852-1859

18- Maron PA, Lejon DPH, Carvahlo H, Bizet K, Ranjard L, Mougel C. 2005. Assessing genetic structure and diversity of airborne bacterial communities by DNA fingerprinting and 16S rDNA clone library. Atmosph Environ. 39 :3687-3695

19- Lejon DPH, Chaussod R, Ranger J, Ranjard L*. 2005. Microbial community structure and density under different tree species in an acid forest soil (Morvan, France). Microbial Ecology, 50:614-625

20- Maron PA, Schiman H, Ranjard L, Brothier E, Domenach AM, Lensi R, Nazaret S. 2006. Evaluation of quantitative and qualitative recovery of bacterial communities from different soil types by density gradient centrifugation. European Journal of Soil Biology. 42:65-73.

21- Mougel C, Offre P, Ranjard L, Corberand T, Gamalero E, Robin C, Lemanceau P. 2006. Dynamic of the genetic structure of bacterial and fungal communities at different development stages of Medicago truncatula Jemalong J5. New Phytologist 170:165-175.

22- Ranjard L*, Lignier L, Chaussod R. 2006. Cumulative effects of short term poly-metallic contaminations on soil bacterial community structure. Applied and Environmental Microbiology. 72:1684-1687.

23- Ranjard L*, Echairi A, Nowak V,. Lejon D P.H, Nouaïm R and Chaussod R. 2006. Field and microcosm experiments to evaluate the effects of agricultural copper treatment on the density and genetic structure of microbial communities in two different soils. FEMS Microbiology Ecology 58:303-315

24- Maron PA, Mougel C, Lejon DPH, Carvalho E, Bizet K, Marck G, Cubito N, Lemanceau P, Ranjard L*. 2006. Temporal variability of airborne bacterial community structure in an urban area. Atmospheric Environment 40:8074-8880.

25- Favre Bonté S, Ranjard L, Champier L, Cournoyer B, Nazaret S. 2006. Distribution and diversity of bTpmt in natural environments. Biochimie 88:1573-1581.

26- Maron PA, Mougel C, Siblot S, Abbas H, Lemanceau P, Ranjard L. 2007. Protein extraction and fingerprinting optimization of bacterial communities in natural environment. Microbial Ecology 53:426-434.

27-Lejon D.P.H., Sebastia J, Lamy I, Nowak V, Chaussod R and Ranjard L*. 2007. Relationship between soil organic status and microbial density and genetic structure in two agricultural soils submitted to various organic managements. Microbial Ecology 53:650-653.

28- Haichar FZ, Berge O, Heulin T, Marol C, Marais MF, Mougel C, Ranjard L and Balesdent J. Identification of cellulolytic bacteria in soil by stable isotope probing. 2007. Environmental Microbiology 9: 625-634.

29- Bernard L, Mougel C, Maron PA, Nowak V, Lévêque J, Henault C, Haichar FZ, Berge O, Marol C, Balesdent J, Gibiat F, Lemanceau P, Ranjard L*. 2007. Dynamics and identification of soil microbial populations actively assimilating carbon from 13C labeled wheat residue as estimated by DNA- and RNA-Stable Isotope Probing (SIP) Environmental Microbiology. 9:752-764.

30- Nicolardot B, Bouziri L, Bastian F, Ranjard L*. 2007. Influence of location and quality of plant residues on residue decomposition and genetic structure of soil microbial communities. 2006. Soil Biology Biochemistry. 39:1631-1644

31-Lejon DP.H., Nowak V, Bouko S, Pascault N, Mougel C and Ranjard L*. 2007. Fingerprinting and diversity of bacterial copA genes according to soil organic status and copper contamination. FEMS Microbiology Ecology, 61:424-437.

32- Lejon D.P.H., Lévêque J, Martins J, Spadini L, Pascault N, Landry D, Milloux MJ, Nowak V, Chaussod R, and Ranjard L*. 2008. Copper dynamics and impact on microbial communities according to soil organic status. Environmental. Science & Technology, 42:2819–2825.

33- Bressan M, Mougel C, Dequiedt S, Maron PA, Lemanceau P, Ranjard L*. 2008. Response of soil bacterial community structure to successive perturbations of different types and intensities. Environmental Microbiology, 10:2184-2187.

34- Ranjard L*, Nowak V, Echairi A, Faloya V, and Chaussod R. 2008. The dynamics of soil bacterial community structure in response to yearly repeated agricultural copper treatments. Research in Microbiology. 159:251-254

35- Philippot L, Cregut M, Cheneby D, Bressan M, Dequiet S, Martin-Laurent F, Ranjard L, Lemanceau P. 2008. Effect of primary mild stresses on resilience and resistance of the nitrate reducer community to a subsequent severe stress. FEMS Microbiology Letters. 285:51-57.

36- Maron P.A., Maitre M., Mercier A., Lejon D.P.H, Nowak V., Ranjard L. 2008. Protein and DNA fingerprinting of a soil bacterial community inoculated in three different sterile soils. Research in Microbiology. 159:231-236.

37- Baudoin E, Nazaret S, Mougel C, Ranjard L, Moenne-Loccoz Y. 2009. Impact of inoculation with the phytostimulatory PGPR Azospirillum lipoferum CRT1 on the genetic structure of the rhizobacterial community of field-grown maize. Soil Biology Biochemistry. 41:409-413.

38- Bastian F, Bouziri L, Nicolardot B, Ranjard L*. 2009. Impact of wheat straw decomposition on successional patterns of soil microbial community structure. Soil Biology Biochemistry. 41:262-275.

39- Dequiedt S, Thioulouse J, Jolivet C, Saby NPA, Lelievre M, Maron PA, Martin MP, Chemidlin-Prévost-Bouré N, Toutain B, Arrouays D, Lemanceau P, Ranjard L*. 2009. Biogeographical patterns of soil bacterial communities. Environmental Microbiology Report, 1:251-255.

40- Bernard L, Maron PA, Mougel C, Nowak V, Lévêque J, Marol C, Balesdent J, Gibiat F, Ranjard L*. 2010. Influence of copper contamination on the dynamics and diversity of soil bacterial community involved in wheat decomposition and priming effect processes. Applied and Environmental Microbiology. 75:7565-7569.

41-Dequiedt S, Lelièvre M, Jolivet C, Saby NPA, Martin M, Thioulouse J, Maron PA, Mougel C, Chemidlin Prévost-Bouré N, Arrouays D, Lemanceau P, Ranjard L*. 2009. ECOMIC-RMQS : biogéographie microbienne à l’échelle de la France - Etat d’avancement et premiers résultats. Etude et Gestion des Sols. 16:219-233

42- Hidri Y, Bouziri L, Maron PA, Anane M, Jedidi N, Nassen A, Ranjard L*. 2010. Soil DNA evidence for altered microbial diversity after long-term application of municipal wastewater. Agronomy for Sustainable Development. 30: 423-431

43-                 Lejon DPH, Pascault N, Ranjard L*. 2010. Differential copper impact on density, diversity and resistance of adapted culturable bacterial populations according to soil organic status. Europe J Soil Biol. 46:168-174.

44- N Pascault, L Cécillon, O Mathieu, C Hénault, A Sarr, J Lévêque, P Farcy, L Ranjard, P-A Maron. 2010. In situ dynamics of microbial communities during decomposition of wheat, rape and alfalfa residues. Microbial Ecology.  60: 816-828.

45- N Pascault, B Nicolardot, F Bastian, P Thiébeau, L Ranjard, P-A Maron. 2010.. In situ dynamics and spatial heterogeneity of soil bacterial communities under different crop residue management. Microbial Ecology. 60, 291-303

46- D. Chèneby, D. Bru, N. Pascault, P.A. Maron, L. Ranjard, L. Philippot. 2010. Role of plant residues in determining temporal patterns of the activity, size and structure of nitrate reducer communities in soil. Applied and Environmental Microbiology. 76, 7136-7143

47- Bru D, A Ramette, N.P.A Saby, S Dequiedt, L Ranjard, C Jolivet, D Arrouays, L Philippot. 2011. Determinants of the distribution of nitrogen-cycling microbial communities at the landscape scale. ISME Journal. 5:532-542.

48- C Colinon, Fevrier L, Ranjard L, Coppin, F, Cournoyer, Nazaret S. 2011. Radioecological risk assessment of low selenium concentrations through genetic fingerpints and metabolic profiling of soil bacterial communities. 2011. Microbial Ecology. 62 :14-24.

49- N Chemidlin-Prévost Bouré, P-A Maron, L Ranjard, V Nowak, E Dufrene, C Damesin, K Soudani, J-C Lata. 2011. Seasonal dynamics of bacterial community in forest soil under different leaf litter amount. Applied Soil Ecology, 47:14-23.

50- S Dequiedt, NPA Saby, M Lelievre, C Jolivet, J Thioulouse, B. Toutain, D Arrouays, A Bispo, P Lemanceau, and L Ranjard. 2011. Biogeographical Patterns of Soil Molecular Microbial Biomass as Influenced by Soil Characteristics and Management. Global Ecology and Biogeography. 20: 641-652.

51-  N Chemidlin Prevost Bouré, C Mougel, S Dequiedt, M Lelievre, R Christen, L Ranjard*. 2011. Optimization and validation of real time PCR of fungal communities in soils. Plos One 6, e2466.

52-  S Terrat, R Christen, S Dequiedt, M Lelievre, V Nowak, D. Bachar, P Plassart, P Wincker, C Jolivet, A Bispo, P Lemanceau, PA Maron, C Mougel, and L Ranjard *. 2012. Molecular biomass and MetaTaxogenomic assessment of soil microbial communities as influenced by soil DNA extraction procedure, Microbial Biotechnology 5:135-141.

53  - Gogé F, Joffre R, Jolivet C, Ranjard L. 2012. Optimization criteria in sample selection step of local regression for quantitative analysis of large soil NIRS database. Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems 110: 168-172.

54- P Plassart, S Terrat, R Griffiths, B Thomson , S Dequiedt, M Lelievre, T Regnier, V Nowak, M Bailey, P Lemanceau, A Bispo, A Chabbi5, P-A Maron, C Mougel, L Ranjard*. 2012. Evaluation of the ISO Standard 11063 DNA Extraction Procedure for Assessing Soil Microbial Abundance and Community Structure. Plos one, 7:e44279.

55   - P Lienhard, F Tivet, A Chabanne, S Dequiedt, M Lelièvre, S Sayphoummie, B Leudphanane, N Chemidlin Prévost-Bouré, L Séguy, P-A Maron and L Ranjard*. 2013. No-till and cover crops shift soil microbial abundance and diversity in a Laos tropical grasslands. Agronomy for Sustainable Development, 33:375-384.

56   - Colinon, Céline; Deredjian, Amélie; Hien, Edmond; Brothier, Elisabeth; Bouziri, Lamia; Cournoyer, Benoit; Hartmann, Alain; Henry, Sonia; Jolivet, Claudy; Ranjard, Lionel; Nazaret, Sylvie. 2013. Detection and enumeration of Pseudomonas aeruginosa in soil and manure assessed by an ecfX qPCR assay
Journal of Applied Microbiology. 114,1734-1749.

57   - L Ranjard*, S. Dequiedt, N. Chemidlin Prévost-Bouré, J. Thioulouse, N.P.A. Saby, M. Lelievre, P.A. Maron, F.E.R. Morin, A. Bispo, C. Jolivet, D. Arrouays, P. Lemanceau. 2013. Turnover of soil bacterial diversity driven by wide-scale environmental heterogeneity. Nature Communications.4 :134. DOI : 10.1038/ncomms2431.

58   - Pascault N., Ranjard L., Kaisermann A., Bachar D., Christen R., Mathieu O., Lévêque J., Mougel C., Henault C., Lemanceau P., Péan M., Fontaine S., Maron, P.A. 2013. Stimulation of different functional groups of soil bacteria resulting from inputs of various plant residues as a driver of priming effect process. Ecosystems. 16:810-822

59   - P Lienhard, S Terrat, N Chemidlin Prévost-Bouré, V Nowak, T Régnier, S Sayphoummie, K Panyasiri, F Tivet, O Mathieu, J Levêque, L Ranjard, PA Maron*. 2013. Soil microbial diversity and C turnover modified by tillage and cropping in Laos tropical grassland. Environmental Chemistry Letters, 11:391-398.

60   - F.E.R. Morin, S. Dequiedt, V. Koyao-Darinest, B. Toutain, S. Terrat, M. Lelièvre, V. Nowak, C. Faivre-Primot, P. Lemanceau, P-A. Maron et L. Ranjard*.2013. MicroSol database, le Premier Système d’Information Environnemental sur
la Microbiologie des Sols. Etude et Gestion des Sols, 20, 27-38

61   - V Tardy, O Mathieu, J Leveque, S Terrat, A Chabbi, P Lemanceau, L Ranjard, PA Maron. 2014. Stability of soil microbial structure and activity depends on microbial diversity. Environmental Microbiology Report. 6 :173-183.

62   - F Constancias, N Chemidlin Prévost-Bouré, S Terrat, S Aussems, V Nowak, J.-P. Guillemin, L Biju-Duval, A Navel, J Martins, PA Maron et L Ranjard. 2014. Microscale evidence for high decrease of soil bacterial density and diversity by cropping, Agronomy for Sustainable Development, 34:831-840. 

63   - P Lienhard, S Terrat, N Chemidlin Prévost-Bouré, V Nowak, T Régnier, S Sayphoummie,  K Panyasiri, F Tivet, O Mathieu, J Levêque, P-A Maron, L Ranjard. 2014. Pyrosequencing evidences the impact of cropping on soil bacterial and fungal diversity in Laos tropical grassland. Agronomy for Sustainable Development. 34:525-533. (DOI 10.1007/s13593-013-0162-9)

64-  David V, Terrat S, Herzine K, Claisse O, Rousseaux S, Tourdot-Maréchal R, Masneuf-Pomarede I, Ranjard L and Alexandre H. 2014. High-throughput sequencing of amplicons for monitoring yeast biodiversity in must and during alcoholic fermentation.Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology. 41:811-821.

65- Chemidlin Prévost-Bouré N., Dequiedt S., Thioulouse J., Lelièvre M., Saby N.P.A, Jolivet C., Arrouays D., Lemanceau P, Ranjard L. 2014. Similar processes but different environmental filters for soil bacterial and fungal diversity turnover on a widescale. Plos One. Volume: 9, Issue: 11, Article Number: e111667

66- Deredjian, A; Colinon, C; Hien, E; Brothier, E; Youenou, B; Cournoyer, B; Dequiedt, S; Hartmann, A; Jolivet, C; Houot, S; Ranjard, L; Saby, Ns P A; Nazaret, S. 2014. Low occurrence of Pseudomonas aeruginosa in agricultural soils with and without organic amendment. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 4 : 53.

67- S Terrat, S Dequiedt, W Horigue, M Lelievre, C Cruaud, N Saby, C Jolivet, D Arrouays, P-A Maron, L Ranjard*, N Chemidlin Prévost Bouré*. 2015. Improving Soil Bacterial Taxa-Area Relationships Assessment Using DNA Meta-Barcoding. Heredity, 114:468-475.

68- Terrat S, Plassart P, Bourgeois E, Ferreira S, Dequiedt S, Adele-Dit-De-Renseville N, Lemanceau P, Bispo A, Chabbi A, Maron PA, Ranjard L*. 2015. Meta-barcoded evaluation of the ISO Standard 11063 DNA extraction procedure to characterize soil bacterial and fungal community diversity and composition; Microbial Biotech, 8, 131-142.

69- F Constancias, N P.A. Saby, S Terrat, W Horrigue, J Villerd, J.-P. Guillemin, C Faivre, L Biju-Duval, V Nowak, S Dequiedt, L Ranjard*, N Chemidlin Prévost-Bouré*. 2014. Mapping and determinism of soil microbial community distribution across an agricultural landscape. MicrobiologyOpen, in press

70- F Constancias, N PA Saby, S Terrat, S Dequiedt, W Horrigue, V Nowak, J-P Guillemin, L Biju-Duval, N Chemidlin Prévost-Bouré, L Ranjard*. Contrasting Spatial Patterns and Ecological Attributes of Soil Bacterial Taxa Across a Landscape. MicrobiologyOpen, in press

71-  J. Guigue, J. Lévêque, O. Mathieu, P. Schmitt-Kopplin, M. Lucio, D. Arrouays, C. Jolivet, S. Dequiedt, N. Chemidlin Prévost-Bouré and L. Ranjard. Water-extractable organic matter linked to soil physico-chemistry and microbiology at the regional scale. SBB, 84:158-167.

72- B Thomson, E Tisserant, P Plassart, S Uroz, R Griffiths, E Hannula, M Buée, C Mougel, L Ranjard, H Van Veen, F Martin, M Bailey, P Lemanceau. 2015. Soil conditions and land use intensification effects on soil microbial communities across a range of European field sites. Soil Biology Biochemistry, in press

73-  V Tardy, A Chabbi, X Charrier, C de Berranger, T Reignier, S Dequiedt, C Faivre-Primot, S Terrat, L Ranjard & P-A Maron. 2015. Land use history shifts in situ fungal and bacterial successions following wheat straw input into the soil. Plos One in press

74- W Horrigue, S Dequiedt, N Chemidlin Prévost-Bouré3, C Jolivet, N PA Saby, D Arrouays, A Bispo, P-A Maron and L Ranjard. 2015. Predictive Model of Soil Molecular Microbial Biomass. Ecological Indicators. submitted

75- Bourgeois E, Dequiedt S, Lelièvre M, van Oort F, Lamy I, Maron P.A, Ranjard L. 2015. Ability of Miscanthus x giganteus crops to rehabilitate indigenous microbial communities of a polluted soil. Agronomy for Sustainable Development. Submitted.

76- J. Guigue, M.  Harir, O.  Mathieu, M.  Lucio,  D.  Arrouays,  C.  Jolivet,  L.  Ranjard, J.  Lévêque and P.  Schmitt-Koplin. 2015. Molecular  characterization  of water-extractable organic matter in soils using ultrahigh-resolution mass spectrometry. Biogeochemistry, submitted.

 

Presse grand public

1-   « Voici la carte de diversité microbienne » Sciences et vie Janvier 2009.

2-   « Les réserves de Biodiversité se multiplient ». Les échos. Novembre 2008

3-   « Les contrôleurs du sol ». ça m’intéresse. Février 2009.

4-   « La biodiversité microbienne des sols cartographiée ». Relations culture. Mars 2009.

5-   Diaporama GenoSol, site internet banque des savoirs, (http://www.savoirs.essonne.fr/), décembre 2009.

6-   Les indicateurs de biodiversité terrestre, Terre Sauvage octobre 2009.

7-   Quand fertilité rime avec biodiversité« Cultivar » Octobre 2009

8-   Rapport sur l’état des sols en France, Ministère de l’environnement.

9-  Film sur l’étude des sols, EDUCAGRI,  2010

10- La Microflore du sol. Références, Commissariat générale au développement durable. Mai 2010. P35-37.

11- INRA Magasine, Les sols français à surveiller décembre 2011.

12- Les échos Novembre 2011, Les sols français passent au tamis de la science

13- Alterre Bourgogne, Reperes N°59 2012, Les sols des services multiples à préserver pour mieux les utiliser.

14- interview Journal FR3 Région Bourgogne 12-13, décembre 2011, Inventaire Français de la biodiversité des sols.

15- Ranjard 2012. Les apports de la biologie moléculaire pour étudier la biodiversité et les fonctions des sols. Acte du congrès CIAG 2012 Fertilité des sols

16- Ranjard, 2011, Microbes du terroir, L’exploitant agricole de Saône et Loire. N°2469, dec 2011.

17- AL Blieux, L Ranjard. 2014, Le TMS stimule la vie des sols. Cultivar, janvier. Page 26-29.

17- Desessard J.-F. (2012). L'étude des sols, un domaine qui explose aujourd'hui. Interview de L. Ranjard. In "Bulletins Électroniques France, Veille technologique internationale",  19/04/12.

18- École de la Communication Sciences-Po Paris. (2013). La bataille des sols. Enquête sur une lutte environnementale. L. Ranjard (Participation au projet "Cartographie des Controverses - La Bataille des Sols" des étudiants de Sciences Po Paris présenté le 7 octobre, à Toulouse, dans le cadre du festival "La Novela - Fête Connaissance!" (article, 2 interviews vidéos, film) ).

19- Gaudin G. (2012). Dossier Sol. Participation de Ranjard L. In "Campagnes et Environnement", n°20. septembre 2012. p.28.

20- Vitagora. (2012). Lionel Ranjard : La passion des sols et de leur diversité microbienne. portrait. In "Vitanews", n°43. mars 2012. p.11.

21- Living Soil, Carolyn Lebel looks at the state of soil in France, Europe’s leading agricutlural producer. The ecologist (sept-octb) 2012.

22- Inventorier champignons et bactéries, Mon sol est il vivant ? Revue Horizon, février 2014.

23- Actionnez la clef de sol. Cultivar, février 2014.

24- Interview pour le film sur « La vie des sols viticoles », film DVD S Assaoui 2014

25- Interview pour retranscription dans le livre « Arrêtons de ruiner nos sols », Fréderic Denhez 2014.

26- Ca m’intéresse, Octobre 2014 «  les sols cultivables sont ils en danger »

27- Réussir Grande Culture, oct 2014. « La vie du sol livre ses secrets »

28- Science et Avenir, Mai 2015, Microcosmos sous nos pieds.

29- Film Arte Biologie du sol « voyage sous nos pieds », torunage en Mai 2015, film à paraître en juin 2016 Arte, RTBF, CNN USA.

30- Article sur la biologie des sols agricoles. Réussir grande culture, Juillet 2015.

 

Synthèses scientifiques

1- Ranjard L, Richaume A. 2001. Quantitative and qualitative microscale distribution of bacteria in soil. Research in Microbiology152:707-716

2- Maron PA, Ranjard L, Mougel C, Lemanceau P. 2007. Metaproteomic: a new approach for studying functional microbial ecology. Microbial Ecology 53:486-493.

3- Gardi C, Montanarella L, Arrouays D, Bispo A, Lemanceau P, Mulder C, Ranjard L, Rombke L, Rutger M, Menta C. 2009. Soil Biodiversity monitoring in Europe: ongoing activities and challenges. European Journal of Soil Science. 60:807-819.

4- Ranjard L*, Dequiedt S, Jolivet C, Saby NPA, Thioulouse J, Harmand J, Loisel P, Rapaport A, Fall S, Simonet P, Joffre R, Chemidlin-prévost Bouré N, Maron PA, Mougel C, Martin MP, Toutain B, Arrouays D, Lemanceau P. 2010. Biogeography of Soil Microbial Communities: a Review and a Description of the Ongoing French National Initiative. Agronomy for Sustainable development. 30-359-365

5- Maron, PA, Mougel C, Ranjard L*. 2011. Soil microbial diversity: spatial overview, driving factors and functional interest. CRAS Biology II. 334:403-411.

6- P Lemanceau, P-A Maron, C Mougel, L Philippot, B Pivato, P Plassart, L Ranjard, C Revellin, V Tardy, D Wipf. 2015. Understanding and managing soil biodiversity: a major challenge in agroecology. Agronomy for Sustainable Development. 35:67-81.

7- C Mougin, D Azam, T Caquet, N Cheviron, S Dequiedt, J-F Le Galliard, O Guillaume, S Houot, G Lacroix, P-A Maron, C Pichot, L Ranjard, J Roy, B Zeller, J Clobert, A Chanzy. 2015. French ecosystem research platforms (AnaEE-France) open to international research in ecotoxicology. Environnemental Science and Pollution Research, in press

 

Chapitre d’ouvrage

1-  C Campbell, L Ranjard, P Lemanceau, S Jeffery. 2010. Biodiversity of soil microbial communities. In European Atlas of Soil Biodiversity Publications Office of the European union, Luxembourg, http://eusoils.jrc.ec.europa.eu/library/maps/biodiversity_atlas/

2- Antoni V., Arrouays D., Baize D., Barriuso Benito E., Bispo A., Blanca Y., Boulonne L., Briand O., Cabidoche Y.-M., Caria G., Brossard M., Chéry P., Cluzeau D., Cousin I., Couturier A., Decaëns T., Denoroy P., Dequiedt S., Derrière N., Desbourdes S., Dupuits E., Fardeau J.-C., Feix I., Gabrielle B., Gibaud C., Guernion M., Hartmann A., Hénault C., Jamagne M., Jolivet C., Laroche B., Le Bas C., Le Martret H., Lehmann S., Lemercier B., Lucas S., Malet J.-P., Martin M., Massad R.S., Miskovsky J.-C., Moulin J., Morard V., Nazaret S., Pasquier C., Péres G., Perrin J.-L., Perrin P., Ranjard L., Richard G., Richer de Forges A., Roger-Estrade J., Saby N., Sauter J., Schnebelen N., Stengel P., Vibert M.-A., Villanneau E., Walter C. (2011). L'état des sols de France.188 p. GIS Sol, Groupement d'Intérêt Scientifique Sol, Paris.

3- Antoni V., Arrouays D., Baize D., Barriuso Benito E., Bispo A., Blanca Y., Boulonne L., Briand O., Cabidoche Y.-M., Caria G., Brossard M., Chéry P., Cluzeau D., Cousin I., Couturier A., Decaëns T., Denoroy P., Dequiedt S., Derrière N., Desbourdes S., Dupuits E., Fardeau J.-C., Feix I., Gabrielle B., Gibaud C., Guernion M., Hartmann A., Hénault C., Jamagne M., Jolivet C., Laroche B., Le Bas C., Le Martret H., Lehmann S., Lemercier B., Lucas S., Malet J.-P., Martin M., Massad R.S., Miskovsky J.-C., Moulin J., Morard V., Nazaret S., Pasquier C., Péres G., Perrin J.-L., Perrin P., Ranjard L., Richard G., Richer de Forges A., Roger-Estrade J., Saby N., Sauter J., Schnebelen N., Stengel P., Vibert M.-A., Villanneau E., Walter C. (2011). Synthèse sur l'état des sols de France.24 p. GIS Sol, Groupement d'Intérêt Scientifique Sol, Paris.

4- P Lemanceau, PA Maron, C Mougel, L Philippot, B Pivato, P Plassart, L Ranjard, C Revellin, V Tardy, D Wipf. 2014. Qu’attendre des recherches en microbiologie du sol pour la connaissance et la gestion de la fertilité des sols? Livre fertilité et Environnement. S Pellerin.F Butler, C Guiard-Van-Leathem. Quae éditions, 288p.

5- L Ranjard, N Chemidlin Prévost Bouré, S Dequiedt.Soil microbial biogeography: mapping microscopic organisms on a wide scale, in Book of Global Soil Biodiversity, 2014, JRC publications

6-  A.Bouthier, C. Pelosi, C. Villenave, G. Peres, M. Hedde, L. Ranjard, J. F. Vian, J. Peigne, J. Cortet, A. Bispo, D. Piron. 2015. Impact du travail du sol sur son fonctionnement biologique. Collection savoir faire Quae « faut il travailler le sol ?». 

7-  S Dequiedt, PA Maron, L Ranjard*. 2015. GenoSol platform: a logistic and technical platform for conserving and exploring soil microbial diversity, in Methods in Molecular Biology: Microbial Environmental Genomics, S Uroz, F Martin (ed), Springer edition.