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Dernière mise à jour : Mai 2018

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UMR Agroécologie

DEQUIEDT Samuel

DEQUIEDT Samuel
Pôle : BIOmE
Equipe : BIOCOM
Courriel : samuel.dequiedt@inra.fr
Tel : 03.80.39.33.83

Curriculum Vitae

2010 à aujourd’hui : Directeur Technique de la plateforme GenoSol (Ingénieur d’Etudes)

2004 – 2010 : Contractuel,INRA de Dijon  plateforme GenoSol

2001 – 2004 : Chargé d’Etudes,Chambre d’Agriculture de Côte d’Or ; Evaluation des flux d’azote dans les sols agricoles

2001 : D.E.S.S. « Espace Rural et Environnement »,Université de Bourgogne

2000 : D.S.E.R. Environnement,Université de Bourgogne

1999 : Maitrise Biologie des Populations et Ecosystèmes,Université de Bourgogne

Activités de Recherche

Après un cursus universitaire en biologie et écologie des populations, j’ai travaillé dans l’estimation et la modélisation des flux de polluants dans les sols. Ces expériences m’ont permis d’acquérir une double compétence basée sur une approche mathématique des questionnements écologiques. Embauché sur contrat en 2006 au sein de l’UMR MSE de l’INRA de Dijon pour assurer la gestion du programme ECOMIC-RMQS, j’ai participé au montage de la plateforme Genosol. 
Recruté en 2010, je suis actuellement le Directeur Technique de la plateforme GenoSol. Je coordonne les activités techniques des programmes dans lesquels la plateforme est impliquée. Je définis avec la Direction Scientifique et je mets en œuvre, avec les responsables des services de GenoSol, la politique de veille technologique et informatique au sein de ces différents services. J’améliore l’attractivité de la plateforme par la communication des compétences techniques et scientifiques qu’elle représente auprès des partenaires institutionnels et socio-économqiue (ITA, CA,…). Mes perspectives de recherche sont : i) d’un point de vue scientifique, je m’implique dans l’étude des variations spatiales des communautés microbiennes et ii) d’un point de vue finalisé, je participe au développement et la reconnaissance des bioindicateurs microbiens de l’état biologique pour une meilleure évaluation environnementale des pratiques (projet CASDAR, projet BioIndicateurs ADEME,etc…).

Publications

  • Ranjard L, Dequiedt S, Chemidlin Prevost-Boure N, Thioulouse J, Saby NPA, Lelievre M, Maron PA, Morin FER, Bispo A, Jolivet C, Arrouays D, Lemanceau P. 2013. Turnover of soil bacterial diversity driven by wide-scale environmental heterogeneity. Nature Com., 4:1434.
  • Plassart P, Terrat S, Thomson B, Griffiths R, Dequiedt S, Lelièvre M, Regnier T, Nowak V, Bailey M, Lemanceau P, Bispo A, Chabbi A, Maron PA, Mougel C, Ranjard L. 2012. Evaluation of the ISO standard 11063 DNA extraction procedure for assessing soil microbial abundance and community structure. PLoS ONE, 7 (9) : e44279.
  • Terrat S, Christen R, Dequiedt S, Lelievre M, Nowak V, Regnier T, Bachar D, Plassart P, Wincker P, Jolivet C, Bispo A, Lemanceau P, Maron PA, Mougel C, Ranjard L. 2012. Molecular biomass and MetaTaxogenomic assessment of soil microbial communities as influenced by soil DNA extraction procedure. Microb. Biotech., 5(1) : 135-141.
  • Lienhard P, Tivet F, Chabanne A, Dequiedt S, Lelievre M, Sayphoummie S, Leudphanane B, Chemidlin Prevost-Boure N, Seguy L, Maron PA, Ranjard L. 2012. No-till and cover crops shift soil microbial abundance and diversity in Laos tropical grasslands. Agron. Sustain. Dev,.
  • Dequiedt S, Saby NPA, Lelievre M, Jolivet C, Thioulouse J, Toutain B, Arrouays D, Bispo A, Lemanceau P, and Ranjard L. 2011. Biogeographical Patterns of Soil Molecular Microbial Biomass as Influenced by Soil Characteristics and Management. Global Ecol. And Biogeog., 20 : 641-652.
  • Chemidlin Prevost-Boure N, Christen R, Dequiedt S, Mougel C, Lelievre M, Jolivet C, Shahbazkia HR, Guillou L, Arrouays D, Ranjard L. 2011. Validation and Application of a PCR Primer Set to Quantify Fungal Communities in the Soil Environment by Real-Time Quantitative PCR. PLoS ONE, 6(9) : e24166.
  • Bru D, Ramette A, Saby NPA, Dequiedt S, Ranjard L, Jolivet C, Arrouays D, Philippot L. 2010. Determinants of the distribution of nitrogen-cycling microbial communities at the landscape-scale. Isme Journ., 1-11.
  • Ranjard L, Dequiedt S, Jolivet C, Saby NPA, Thioulouse J, Harmand J, Loisel P, Rapaport A, Fall S, Simonet P, Joffre R, Chemidlin-prévost Bouré N, Maron PA, Mougel C,  Martin MP, Toutain B, Arrouays D, Lemanceau P. 2010. Biogeography of Soil Microbial Communities: a Review and a Description of the Ongoing French National Initiative. Agron. Sustain. Dev, 30 (2) : 359-365.
  • Ranjard L, Dequiedt S, Lelievre M, Maron PA, Mougel C, Morin F, Lemanceau P. 2009. Platform GenoSol: a new tool for conserving and exploring soil microbial diversity. Environmental Microbiology Report. 1: 97-99.
  • Dequiedt S, Lelièvre M, Jolivet C, Saby NPA, Martin M, Thioulouse J, Maron PA, Mougel C, Chemidlin Prévost-Bouré N, Arrouays D, Lemanceau P, Ranjard L. 2009. ECOMIC-RMQS : biogéographie microbienne à l’échelle de la France - Etat d’avancement et premiers résultats. Etude et Gestion des Sols. 16:219-233.
  • Dequiedt S, Thioulouse J, Jolivet C, Saby NPA, Lelievre M, Maron PA, Martin MP, Chemidlin-Prévost-Bouré N, Toutain B, Arrouays D, Lemanceau P, Ranjard L. 2009. Biogeographical patterns of soil bacterial communities. Environmental Microbiology Report, 1:251-255.
  • Bressan M, Mougel C, Dequiedt S, Maron PA, Lemanceau P, Ranjard L. 2008. Response of soil bacterial community structure to successive perturbations of different types and intensities. Environmental Microbiology, 10:2184-2187.
  • Philippot L, Cregut M, Cheneby D, Bressan M, Dequiedt S, Martin-Laurent F, Ranjard L, Lemanceau P. 2008. Effect of primary mild stresses on resilience and resistance of the nitrate reducer community to a subsequent severe stress. FEMS Microbiol Lett. 285:51-57.