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31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

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UMR Agroécologie

CHEMIDLIN Nicolas

CHEMIDLIN Nicolas
Maître de Conférences
Pôle : BIOmE
Equipe : BIOCOM
Courriel : n.chemidlin@agrosupdijon.fr
Tel : 03.80.69.36.44 / 03.80.77.25.66
Fax : 03.80.69.32.24 / 03.80.77.25.51

Curriculum Vitae

2011 - … : Maître de Conférences en Biologie des sols – Sciences du sol, UMR Agroécologie

2008 – 2010 : Post-Doctorat en écologie microbienne: "Etude de la Biogéographie des communautés de champignons du sol au sein du Réseau de Mesure de la Qualité des Sols", UMR Microbiologie du Sol et de l’Environnement, INRA Dijon

2005 – 2008 : Doctorat au sein du laboratoire Ecologie – Systématique - Evolution (ESE), Université Paris-Sud XI, Orsay. Sujet : "Les respirations autotrophe et hétérotrophe du sol dans une chênaie tempérée" ; Moniteur à l’Université Paris-Sud XI

2001 – 2005 : Cursus à l’Ecole Normale Supérieure de Cachan (ENS Cachan); Licence et Maîtrise de biologie cellulaire et physiologie (spécialité physiologie végétale) ; Master Ecologie, Biodiversité, Evolution, spécialité Ecologie, Biodiversité, Evolution, Université Paris Sud XI

2003 – 2004 : Admission à l’agrégation de Sciences de la Vie, Sciences de la Terre et de l’Univers

1999 : Baccalauréat série S

Activités de Recherche

Au cours de ma thèse de doctorat, j’ai associé écologie microbienne des sols et cycles biogéochimiques (cycle du Carbone) et j’ai renforcé mes compétences en écologie microbienne au travers de mon post doctorat au sein de l’équipe BIOCOM (UMR Microbiologie du Sol et de l’Environnement, Dijon) sous la direction de L Ranjard. Suite à cela, j’ai été recruté à AgroSup Dijon en tant que maître de conférences et ai rejoint officiellement l’équipe BIOCOM lors de la création de l’UMR 1347 Agroécologie.

Au sein de l’équipe BIOCOM, je développe deux thématiques de recherche en association avec L. Ranjard et P.A. Maron:
 1) l’étude de la distribution spatiale, de la dynamique et du déterminisme de la diversité microbienne des sols
 2) l’étude du lien entre diversité microbienne des sols et leur fonctionnement biologique.

 La première thématique met en jeu des approches d’écologie spatiale pour caractériser les patterns de distribution des communautés microbienne du sol et comprendre leur déterminisme (processus de diversification, filtre environnementaux : environnement, climat, communauté végétale, éloignement géographique). Ces approches appliquées en particulier à l’échelle des paysages agricoles pour déterminer si les filtres environnementaux et les processus de diversification des microorganismes du sol à cette échelle sont les même qu’à des échelles plus fines (parcelle) ou plus large (régionale, nationale). Ce travail fait actuellement l’objet de la thèse de Florentin Constancias que je co-encadre avec Lionel Ranjard.
 La seconde thématique, développée avec Pierre-Alain Maron, met en jeu des approches d’écologie des communautés avec des approches d’écologie fonctionnelle ciblées sur le turnover des matières organiques du sol et la stabilité de cette fonction face à des perturbations externes.
 Au-delà des débouchés fondamentaux liés à ces thématiques de recherche, ces dernières ont aussi des débouchés appliqués pour une meilleure évaluation environnementale des pratiques agricoles et en termes de formation pour les acteurs du monde agricole sur l’utilisation des indicateurs biologiques, et particulièrement microbiens, pour évaluer l’impact de leurs pratiques sur leurs sols (Projet CASDAR AgrInnov, en cours).

Activités d'enseignement

Je réalise la majeure partie de mes activités d’enseignement sur la thématique de la biologie des sols en lien avec leur fonctionnement au sein d’AgroSup Dijon et de l’Université de Bourgogne. Mes activités d’enseignement couvrent différents niveaux : Cursus ingénieur 1ère et 2e année, 3e année spécialisation Agronomie – Environnement ;  Licence 3, Master 1 et Master 2. Au sein de l’université de Bourgogne, j’interviens particulièrement dans le cadre de la licence professionnelle Agriculture, Durabilité, Nouvelles Technologies dont je suis co-directeur avec PY Collin (UMR Biogéosciences, Université de Bourgogne), du Master BOP et du master BIIPPME. Outre des cours théoriques et des travaux dirigés sur la biologie des sols, j’interviens aussi dans le cadre d’activités pluridisciplinaires (Approche Globale de l’Exploitation Agricole, Diagnostic Agri-Environnemental, projets tuteurés) et dans l’encadrement des stages des étudiants d’AgroSup Dijon (mémoires de fin d’étude, stages en entreprise) et de licence professionnelle.

Publications

  • Constancias F., Terrat S., Saby N.P.A., Horrigue W., Villerd J., Guillemin J.-P., Biju-Duval L., Nowak V., Dequiedt S., Ranjard L., Chemidlin Prévost-Bouré N. (2015). Mapping and determinism of soil microbial community distribution across an agricultural landscape, MicrobiologyOpen, 4, 505–517
  • Constancias F., Saby N. P. A., Terrat S., Dequiedt S., Horrigue W., Nowak V., Guillemin J.-P.4, Biju-Duval L., Ranjard L., Chemidlin Prévost-Bouré N. (2015). Contrasting spatial patterns and ecological attributes of soil bacterial and archaeal taxa across a landscape. MicrobiologyOpen, 4, 518–531
  • Guigue J., Leveque, J., Mathieu, O., Schmitt-Kopplin P., Lucio M., Arrouays D., Jolivet C., Dequiedt S., Chemidlin Prévost-Bouré N., Ranjard L. (2015) Water-extractable organic matter linked to soil physico-chemistry and microbiology, at the regional scale, Soil Biology & Biochemistry, 84, 158-167
  • Terrat S, Dequiedt S, Horrigue W, Lelievre M, Cruaud C, Saby NP, Jolivet C, Arrouays D, Maron PA, Ranjard L, Chemidlin Prévost-Bouré N. (2015) Improving soil bacterial taxa-area relationships assessment using DNA meta-barcoding. Heredity, 114, 468–475, doi:10.1038/hdy.2014.91;
  • Chemidlin Prévost-Bouré N., Dequiedt S., Thioulouse J., Lelièvre M., Saby N.P.A., Jolivet C., Arrouays D., Plassart, P., Lemanceau P., Ranjard L. (2014) Similar Processes but Different Environmental Filters for Soil Bacterial and Fungal Community Composition Turnover on a Broad Spatial Scale. Plos One, 9 (11) : 10.1371/journal.pone.0111667
  • Constancias F., Chemidlin Prévost-Bouré N., Terrat S., Aussems S., Nowak V., Guillemin J.-P., Bonnotte A., Biju-Duval L., Navel A., Martins J.M.F, Maron P.-A., Ranjard L. (2014) Microscale evidence for a high decrease of soil bacterial density and diversity by cropping, Agronomy for Sustainable Development, 34 (4), 831-840.
  • Lienhard P., Terrat S., Chemidlin Prévost-Bouré N., Nowak V., Régnier T., Sayphoummie S., Panyasiri K., Tivet F., Mathieu O., Levêque J., Maron P.-A. & Ranjard L. (2014) Pyrosequencing evidences the impact of cropping on soil bacterial and fungal diversity in Laos tropical grassland. Agronomy for Sustainable Development, 34 (2), 525-533.
  • Ranjard L., Dequiedt S., Chemidlin Prévost-Bouré N., Thioulouse J., Saby N. P. A., Lelievre M., Maron P. A., Morin F. E. R., Bispo A., Jolivet C., Arrouays D. and Lemanceau P. (2013). Turnover of soil bacterial diversity driven by wide-scale environmental heterogeneity. Nature Communications 4, 1434
  • Lienhard P., Tivet F., Chabanne A., Dequiedt S., Lelièvre M., Sayphoummie S., Leudphanane B., Chemidlin Prévost-Bouré N., Séguy L., Maron P.-A. and Ranjard L. Two years of no-till with cover crops shift microbial abundance and diversity in a tropical grassland acid soil (Laos), 2012, in press, Agronomy for Sustainable Development
  • Chemidlin Prévost-Bouré N, Christen R, Dequiedt S, Mougel C, Lelièvre M, et al. (2011) Validation and Application of a PCR Primer Set to Quantify Fungal Communities in the Soil Environment by Real-Time Quantitative PCR. PLoS ONE 6(9): e24166. doi:10.1371/journal.pone.0024166
  • Chemidlin Prévost-Bouré N., Maron P.-A., Ranjard L., Nowak V., Dufrêne E., Damesin C., Soudani K., Lata J.-C. (2011) Seasonal dynamics of bacterial community in forest soil under different leaf litter amounts: towards linking microbial community and soil functioning, Applied Soil Ecology 47, 14-23.
  • Chemidlin Prévost-Bouré N., Soudani K., Damesin C., Berveiller D., Lata J.-C., Dufrêne E. (2010) Total soil, bulk soil and litter respiration response to a modification of aboveground fresh litter quantity in a temperate deciduous forest, Applied Soil Ecology 46, 26-34.
  • Chemidlin Prévost-Bouré N., Ngao J., Berveiller D., Bonal D., Damesin C., Dufrêne E., Lata J-.C., Le Dantec V., Longdoz B., Ponton S., Soudani K. and Epron D. (2009) Root exclusion through trenching does not affect the isotopic composition of soil CO2 efflux. Plant and Soil 319, 1-13.
  • Dequiedt S., Lelievre M., Jolivet C., Saby N., Martin M., Thioulouse J., Maron P.-A., Mougel C., Chemidlin Prévost-Bouré N., Arrouays D., Lemanceau P. and Ranjard L. (2009) ECOMIC-RMQS: Biogéographie microbienne à l'échelle de la France: Etat d'avancement et premiers résultats. Etude et Gestion des Sols 16, 219-231.
  • Dequiedt S., Thioulouse J., Jolivet C., Saby N., Lelievre M., Maron P.-A., Martin M., Chemidlin Prévost-Bouré N., Toutain B., Arrouays D., Lemanceau P. and Ranjard L. (2009) Biogeographical patterns of soil bacterial communities. Environmental Microbiology Reports 1, 251-255.
  • Ranjard L., Dequiedt S., Jolivet C., Saby N., Thioulouse J., Harmand J., Loisel P., Rapaport A., Fall S., Simonet P., Joffre R., Chemidlin-Prévost Bouré N., Maron P.-A., Mougel C., Martin M., Toutain B., Arrouays D. and Lemanceau P. (2009) Biogeography of soil microbial communities: a review and a description of the ongoing French national initiative. Agronomy for Sustainable Development, DOI: 10.1051/agro/2009033
  • Bertaux J., Schmid M., Chemidlin Prévost-Bouré N., Churin J.-L., Hartmann A., Garbaye J. and Frey-Klett P. (2003) In Situ Identification of Intracellular Bacteria Related to Paenibacillus spp. in the Mycelium of the Ectomycorrhizal Fungus Laccaria bicolor S238N. Applied and Environmental Microbiology 69, 4243-4248.

Chapitres d’ouvrages:

  • Ranjard L., Chemidlin Prévost-Bouré N., Dequiedt S., Soil microbial biogeography: mapping microscopic organisms on a wide scale, in Global Soil Biodiversity Atlas, editor Joint Research Centre, in press
  • Pivateau B., Chemidlin Prévost-Bouré N., Lemanceau P. Microbiome du sol in La métagénomique (2015), ed Quae, Editeurs : Marie-Christine Champomier-Vergès, Monique Zagorec, ISBN : 9782759222933

Liens

http://www6.dijon.inra.fr/umragroecologie/Poles/EcolDur/Equipes-de-recherche/Equipe-BIOCOM

http://www.agrosupdijon.fr

Mots clés

Emboitement d’échelles, communautés microbiennes du sol, processus de diversification, filtres environnementaux, turnover des matières organiques

Principaux contrats

2011-2013 : "Déterminisme et régulation des communautés microbiennes à l'échelle du paysage agricole", FABER, region Bourgogne