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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques des Ecosystèmes Limniques

UMR CARRTEL

Centre Alpin sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Lacustre

Berdjeb Lyria thèse soutenue le 12 novembre 2010, encadrée par Stéphan Jacquet & Isabelle Domaizon

Impact des virus et des flagellés hétérotropes sur les ressources nutritives, la qualité de la matière organique, la dynamique et structure des communautés microbiennes lacustres.

Ce projet de thèse s’est inscrit dans le cadre d’une meilleure compréhension du fonctionnement du réseau trophique pélagique en milieu lacustre. Il pose les questions de savoir si (i) l’effet conjoint ou séparé de la lyse virale et de la prédation par les flagellés hétérotrophes influent fortement sur la diversité phylogénétique et fonctionnelle du bactérioplancton et, (ii) comment les virus et les prédateurs contribuent au recyclage des nutriments et la composition de la matière organique dissoute.

Deux approches (éco-systémique et expérimentale) ont été considérées afin de répondre à ces questions. L’approche éco-systémique consistait en un suivi dynamique de l’abondance bactérienne et virale ainsi que celle des protistes flagellés et ciliés. Ce suivi a été réalisé tous les quinze jours durant l’année 2007 pour les trois plus grands lacs alpins français : Léman, Annecy et Bourget. Un suivi mensuel de la diversité eucaryotique, procaryotique et viral a été également réalisée pour le lac d’Annecy et du Bourget uniquement, les échantillons sont en cours d’analyse.

Des expériences ont été réalisées à partir d’échantillons provenant de deux milieux aux caractéristiques trophiques différentes : Bourget (mésotrophe) et Annecy (oligotrophe). Afin d’avoir un représentativité de la colonne d’eau, les prélèvements ont été réalisés à 2 m et 50 m. Ces expériences consistaient en une fragmentation des communautés microbiennes pour ne garder que les virus, bactéries hétérotrophes, picocyanobactéries et flagellés hétérotrophes (sans les ciliés) d’une part et d’autre part pour n’avoir que les virus et les bactéries hétérotrophes (sans prédateurs). Afin de s’affranchir de l’effet des radiations solaires sur la communauté autotrophe, un traitement au noir a été également réalisé. Les échantillons ainsi traités ont être incubés in situ dans des bouteilles de 2 litres en polyéthylène, pendant plusieurs jours. Des prélèvements ont été réalisés dans ces bouteilles avec un pas de temps de deux jours afin de mesurer les différents paramètres considérés.

L’analyse cytométrique a permis de réaliser le suivi dynamique des différentes communautés microbiennes. La diversité globale bactérienne a été appréhendée par DGGE. La viabilité des cellules bactériennes a été suivie selon la méthode du double marquage NADS. La spectrofluorométrie 3D et l’estimation de l’indice d’aromaticité ont permis de mieux caractériser la matière organique au cours de ces expériences. La production bactérienne et virale, la vitesse de décroissance virale et enfin la fraction bactérienne lysogénique ont également mesurées.