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UMR Agroécologie

HARTMANN Alain

HARTMANN Alain
Directeur de Recherche
Pôle : BIOmE
Courriel : alain.hartmann@dijon.inra.fr
Tel : 03.80.69.32.95
Fax : 03.80.69.32.24

Curriculum Vitae

DIPLÔMES ET EXPÉRIENCES PROFESSIONNELLES

2007 : Habilitation à Diriger des Recherches  « Gestion des microflores bactériennes telluriques bénéfiques et indésirables dans le cadre d’une agriculture durable » soutenue le 18 septembre 2007
 
1989 :  Thèse de Doctorat, mention très honorable. Titre de la thèse : Caractérisation du génome  de Rhizobium et Bradyrhizobium au niveau moléculaire et son utilisation en écologie microbienne : - diversité des populations naturelles, potentiel de transfert de plasmides. Université de Bourgogne
 
1984 : DEA de Nutrition Alimentation à l'Université de Bourgogne, mention B
  Titre du mémoire : Etude écologique de Rhizobium meliloti :  composition et distribution d'une population naturelle

1983 : Professeur agrégé de Sciences Naturelles option biologie végétale

1982 : Maîtrise de Sciences Naturelles mention B.  Université Pierre et Marie Curie Paris VI

1980-1984 : Elève professeur à l'Ecole Normale Supérieure de Saint-Cloud

Activités de Recherche

Distribution des bactéries pathogènes de l'Homme ou commensales dans l’environnement (sol, eau), impact sur l’épidémiologie des maladies transmissibles, développement de résistances aux antibiotiques
 
 Question 1-1 : Quel est l’impact des paramètres environnementaux sur la circulation des micro-organismes entre l’environnement et l’homme (micro-organismes pathogènes ou commensaux) ?
 Divers réservoirs de micro-organismes sont explorés : sol, eau, plantes, (rhizosphère, parties aériennes), animaux de rente, faune sauvage. Les micro-organismes seront détectés, dénombrés, isolés, caractérisés et comparés à des souches cliniques d’origine humaine.

 Question 1-2 : Quels sont les déterminants génétiques impliqués dans la résistance aux antibiotiques de souches bactériennes cliniques et environnementales, et quel est leur lien éventuel avec l’adaptation et la virulence ?
 Les gènes codant pour les résistances aux antibiotiques sont souvent portés par des structures conservées (de type intégron)  mobilisables (transposon, séquence d’insertion) ou/et transférables (plasmides conjugatifs). Les structures rencontrées dans les souches environnementales seront comparées aux structures rencontrées dans les souches humaines de même que leur support, leur environnement génétique et leur éventuel caractère transférable. Nous apprécierons ensuite les liens éventuels au sein d’une même souche entre la présence de gènes impliqués dans l’adaptation, dans la virulence et dans la résistance aux antibiotiques.

Activités d'enseignement

  • Master 2 AMAQ, Parcours MAAE (Microbiologie Appliquée à l'Agroalimentaire et à l'Environnement), Université de Bourgogne
  • Master 2 BOP,  Biologie des Organismes et des Populations, Parcours Biodiversité et conservation, Université de Bourgogne

Publications

  • Barbier, E., Boschiroli, M.L., Gueneau, E., Rochelet, M., Payne, A., de Cruz, K., Blieux, A.L., Fossot, C. and Hartmann, A. (2016) First molecular detection of Mycobacterium bovis in environmental samples from a French region with endemic bovine tuberculosis. J Appl Microbiol. doi: 10.1111/jam.13090
  • Barbier, E., Chantemesse, B., Rochelet, M., Fayolle, L., Bollache, L., Boschiroli, M.L. and Hartmann, A. (2016) Rapid dissemination of Mycobacterium bovis from cattle dung to soil by the earthworm Lumbricus terrestris. Vet Microbiol 186, 1-7.
  • Rochelet, M., Solanas, S., Betelli, L., Neuwirth, C., Vienney, F. and Hartmann, A. (2015) Amperometric detection of extended-spectrum beta-lactamase activity: application to the characterization of resistant E. coli strains. Analyst 140, 3551-3556.
  • Vivant, A.L., Garmyn, D., Gal, L., Hartmann, A. and Piveteau, P. (2015) Survival of Listeria monocytogenes in Soil Requires AgrA-Mediated Regulation. Appl Environ Microbiol 81, 5073-5084.
  • Rochelet, M., Vienney, F., Solanas, S., Membrilla, A. and Hartmann, A. (2013) An electrochemical DNA biosensor for the detection of CTX-M extended-spectrum β-lactamase-producing Escherichia coli in soil samples. J Microbiol Methods 92, 153-156.
  • Locatelli A., Spor A., Jolivet C., Piveteau P., Hartmann A. (2013) Biotic and abiotic soil properties influence survival of Listeria monocytogenes in soil PLoS One  In Press  
  • Rochelet M., Vienney F., Solanas S., Membrilla A., Hartmann A. (2013). An electrochemical DNA biosensor for the detection of CTX-M extended-spectrum β-lactamase-producing Escherichia coli in soil samples. J. Microbiol. Methods. 92:153-156.
  •  Colinon C., Deredjian A., Hien E., Brothier E., Bouziri L., Cournoyer B., Hartmann A., Henry S., Jolivet C., Ranjard L., Nazaret S. (2013). Detection and enumeration of Pseudomonas aeruginosa in soil and manure assessed by an ecfX qPCR assay. J. Appl. Microbiol. 114:1734-1749
  • Locatelli A., Depret G., Jolivet C., Henry S., Dequiedt S., Piveteau P., Hartmann A. (2013). Nation-wide study of the occurrence of Listeria monocytogenes in French soils using culture-based and molecular detection methods. J. Microbiol. Methods. 93:242-250.
  • Betelli, L., Duquenne, P., Grenouillet, F., Simon, X., Scherer, E., Gehin, E., & Hartmann, A. (2013). Development and evaluation of a method for the quantification of airborne Thermoactinomyces vulgaris by real-time PCR. Journal of …, 92, 25–32.
  • Hartmann, A., Locatelli, A., Amoureux, L., Depret, G., Jolivet, C., Gueneau, E., & Neuwirth, C. (2012). Occurrence of CTX-M Producing Escherichia coli in Soils, Cattle, and Farm Environment in France (Burgundy Region). Frontiers in Microbiology, 3(March), 83. doi:10.3389/fmicb.2012.00083
  • Piveteau P., Depret G., Pivato B., Garmyn D., Hartmann A. (2011). Changes in Gene Expression during Adaptation of Listeria monocytogenes to the Soil Environment. PLoS One. 6:e24881
  • Garmyn, D., Gal L., Briandet, R., Guilbaud, M., Lemaitre, J. P., Hartmann, A, .Piveteau, P. (2011). "Evidence of autoinduction Heterogeneity via Expression of the Agr System of Listeria monocytogenes at the Single-Cell Level." Appl. Environ. Microbiol. 77: 6286-6289 
  • Garmyn, D., Gal L., Lemaitre, J. P., Hartmann, A.,Piveteau, P. (2009). Communication and autoinduction in the species Listeria monocytogenes: A central role for the agr system. Commun. Integr. Biol. 2: 371-374.
  • Lyautey E., Lapen D.R., Wilkes G., McCleary K., Pagotto F., Tyler K., Hartmann A., Piveteau P., Rieu A., Robertson W.J., Medeiros D.T., Edge T.A., Gannon V., Topp E. (2007). Distribution and Characteristics of Listeria monocytogenes Isolates from Surface Waters of the South Nation River Watershed, Ontario, Canada. Appl. Environ. Microbiol. 73:5401-5410.
  • Lyautey E., Hartmann A., Pagotto F., Tyler K., Lapen D.R., Wilkes G., Piveteau P., Rieu A., Robertson W.J., Medeiros D.T., Edge T.A., Gannon V., Topp E. (2007). Characteristics and frequency of detection of fecal Listeria monocytogenes shed by livestock, wildlife, and humans. Can. J. Microbiol. . 53:1158-1167.
  • Mazurier S., Lemunier M., Hartmann A., Siblot S., Lemanceau P. (2006). Conservation of type III secretion system genes in Bradyrhizobium isolated from soybean. FEMS Microbiol. Lett. 259, 317-325
  • Devers M., Henry S., Hartmann A., Martin-Laurent F. (2005) Horizontal gene transfer of atrazinedegrading genes (atz) from Agrobacterium tumefaciens St96-4 pADP1::Tn5 to bacteria of maize cultivated soil. Pest Management Science 61 : 870-880
  • Mohamed, M.A.N., Ranjard, L., Catroux, C., Catroux, G., Hartmann, A., (2005) Effect of natamycin on the enumeration, genetic structure and composition of bacterial community isolated from soils and soybean rhizosphere. Journal of Microbiological Methods 60:31-40.
  • Rousseaux, S., Hartmann, A., Rouard, N., and Soulas, G. (2003) A simplified procedure for terminal restriction fragment length polymorphism analysis of the soil bacterial community to study the effects of pesticides on the soil microflora using 4,6-dinitroorthocresol as a test case. Biology and Fertility of Soils 37: 250-254.
  • Piutti, S., Semon, E., Landry, D., Hartmann, A., Dousset, S., Lichtfouse, E., Martin-Laurent, F. (2003) Isolation and characterisation of Nocardioides sp SP12, an atrazine-degrading bacterial strain possessing the gene trzN from bulk- and maize rhizosphere soil. FEMS Microbiology Letters 221: 111-117.
  • Rousseaux, S., Hartmann, A., Lagacherie, B., Piutti, S., Andreux, F. and Soulas, G. (2003). Inoculation of an atrazine-degrading strain, Chelatobacter heintzii Cit1, in four different soils: effects of different inoculum densities. Chemosphere 51(7): 569-576.
  • Rousseaux, S., Soulas, G. and Hartmann, A., (2002). Plasmid localisation of atrazine-degrading genes in newly described Chelatobacter and Arthrobacter strains. FEMS Microbiology Ecology,. 41(1): p. 69-75.

Mots clés

microbiologie, écologie microbienne, détection moléculaire, sol, eau, Escherichia coli, Listeria, PRO

Principaux contrats

ANR SEST