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UMR Agroécologie

Serres/PPHD

Contexte

La plateforme Serres – Plateforme de Phénotypage Haut Débit offre aux chercheurs de l’UMR Agroécologie et plus largement à la communauté scientifique nationale et internationale, des équipements (serres, chambres climatiques et équipements de phénotypage haut débit) pour la production et la caractérisation du matériel végétal.

Au sein de la plateforme de Phénotypage haut débit, il s’agit en particulier de répondre aux besoins d’analyser en détail les phénotypes de dizaines de plantes, de cribler de populations de plantes beaucoup plus importantes (jusqu’à plusieurs milliers) lors d’approches de génétique quantitative et de l’utilisation de transformants pour la validation fonctionnelle de gènes candidats. Cette méta-analyse doit permettre d’identifier les relations entre processus physiologiques (et les gènes associés) et phénotypes.

Missions

Les missions globales sont :

    De produire du matériel végétal en conditions contrôlées (serres ou en chambres climatiques)

    D’utiliser et développer des techniques innovantes et automatisées pour la morphométrie haut débit d’un large effectif d’unités biologiques et de leurs interactions…

  • sous différentes conditions environnementales…
  • à différents niveaux organisationnels (organe /plante/association de plantes)
  • pour une large diversité d’unités biologiques (microorganismes, graines, plantules, plantes).

La Plateforme de Phénotypage Haut Débit permettra en particulier :

(i) de caractériser la diversité de fonctionnement biologique des espèces impliquées (morphométrie et caractéristiques physiologiques), que ces plantes soient isolées ou bien en interaction/compétition intra ou interspécifiques avec d’autres plantes (vitesse de croissance, réaction à la compétition, durée totale du cycle, sensibilité aux herbicides)

(ii) d’analyser les interactions plantes - microorganismes telluriques pathogènes/mutualistes conditionnées par les partenaires végétaux et microbiens (étude cinétique de développement du pathogène et des réactions de défense des plantes) et par les conditions environnementales (type de sol, teneur en CO2, température, lumière,…)

Stratégie

La Plateforme Serres - Plateforme de Phénotypage Haut Débit fonctionne en partenariat avec les équipes scientifiques  via un comité de pilotage constitué de représentants de l’UMR. Ceci permet d’orienter les choix stratégiques de l’installation expérimentale en partenariat avec les représentants de l’UMR, d’optimiser la procédure de réservation et de mise en place des essais incluant des moments de briefing et debriefing. La protection intégrée est incluse dans ses méthodes de lutte phytosanitaire, elle maintient sa politique d’assurance qualité, assure la traçabilité des interventions, fournit une facturation homogène et équitable

La Plateforme de Phénotypage Haut Débit affiche un fort positionnement stratégique au niveau Européen : Le phénotypage qui y est effectué concerne la partie aérienne d’un large nombre d’espèces végétales. La spécificité de cette plateforme concerne, au niveau européen l’étude des interactions plante / plante et plante/microorganismes dans la rhizosphère. Pour répondre à ces enjeux, la plateforme est structurée en deux zones/activités :

  • Zone S1 (non confinée) :
    • 1000 m² de serres divisée en serres de 19 m² à 170 m²
    • 7 chambres climatiques
    • Locaux techniques attenants : salle de solution nutritives, salle de lavage des racines, salle de sèchage des plantes, atelier mécanique, galerie d’empotage, salle de lavage des pots, bureau de télégestion
  • Zone S2 et phénotypage ((confinement des veines solides et liquides niveau S2) :
    • 300 m² de serres et 2 chambres climatique automatisée (équipés de convoyeurs)
    • 170 m² de serres et 2 chambre climatiques pour petite unités
    • 5 germinateurs / incubateurs
    • 2 robots de phénotypage : pour grandes plantes (convoyeur) et petites unités (HTS)
    • Locaux techniques attenants de confinement S2 : 2 laboratoires, Salle de lavage des plantes, salle de séchage, salle de fertirrigation, bureau de télégestion, salle d’empotage

Résultats marquants

  • Participation au projet Investissement d’Avenir Phenome et PEAMUST
  • Workpackage leader du projet Européen FP7 ABSTRESS
  • Participant au projet Européen FP7 EPPN et FP7 ARIMNET Medleg
  • Inscription d’un Brevet pour les Rhizotrons Haut Débit.

Personnel

Agents permanents
  • Franck ZENK  AT
  • Noureddine EL-MJIYAD AT
  • Julien MARTINET (AI)
  • Karine PALAVIOUX TR
  • Damien GIRONDE AT
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