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UMR Agroécologie

GenoSol

MISSIONS

La plateforme GenoSol a été créée en 2008. Elle se situe dans le bâtiment Dommergues de l’UMR 1347 Agroécologie. Ses activités s’articulent autour de trois activités principales:

- un Centre de Ressources Génétiques (CRG) national des sols naturels et agricoles afin de conserver les ressources génétiques comme l’ADN et de pouvoir les mettre à disposition de la communauté scientifique. Le conservatoire a été labellisé ISO 9001 version 2008 en septembre 2015. Les échantillons de sols conservés proviennent en majorité de réseaux de surveillance de sols, d’observatoire de recherche en environnement et de sites expérimentaux pérennes, ainsi que de réseau d’exploitation agricole (réseau OFSV). Tous ces sites sont impliqués dans la réflexion sur l’évaluation et l’impact environnementaux des modes d’usage des sols. La plateforme GenoSol représente donc un outil stratégique pour renforcer les systèmes d’observation de la biodiversité tellurique dans ces dispositifs. A ce jour plus de 11000 sols sont stockés dans le CRG et 1500 nouveaux sols sont archivés en moyenne par année. Le conservatoire est localisé au sous-sol du bâtiment Dommergues.

Frigo

- Un laboratoire d’analyses et de développements moléculaires dont l’objectif est le développement et la veille technologique sur les méthodes d’extraction des acides nucléiques des sols et les outils de caractérisation des ressources génétiques microbiennes (génotypage, séquençage à haut débit, étude du métagénome par amplification des gènes ribosomaux…). Cette plateforme permet d’améliorer la standardisation des procédures et des outils moléculaires. Un partenariat avec le Genoscope a été obtenu en 2010 et a permis de développer les techniques de séquençage haut débit pour aborder la diversité microbienne des sols. La plateforme travaille dans de nouveaux locaux mis en place dans le cadre du Projet Investissement d’Avenir AnaEE-France qui se trouve au RdC du bâtiment Dommergues.

genosol

- un Système d’Information Environnementale (SIE) centré sur la base de données -« MicroSol »- qui permet la gestion d’une part de gérer le CRG et la traçabilité de ses échantillons et, d’autre part de stocker et d’analyser les données de caractérisation génétique des sols (taxonomique, fonctionnelle). La base de données permettra d’élaborer un véritable référentiel d’interprétation et de traduction de la diversité microbienne des sols qui servira à définir un « Normal Operating Range » sur la biodiversité des sols. Le SIE doit permettre d'envisager de changer de paradigme pour les études d'écologie microbienne du sol (Data Driven Science) et d'appréhender des questionnements d'écologie cognitive. La base de données MicroSol database est protégée par l’INRA (services partenariats dpts EA-SPE).

La plateforme GenoSol fait partie de l’infractructure AnaEE-France (https://www.anaee-france.fr/fr/). Elle bénéficie depuis 2013 des labels de Plateforme Stratégique Nationale par la Commission Nationale des Outils Collectifs (CNOC) en association avec InfoSol (INRA Orléans) qui est organe d'évaluation des plateformes de l'INRA et du label infrastructure d'intérêt national pour le Conservatoire de Ressources Génétiques délivré par le GIS IBISA (http://www.ibisa.net/index.php). Les plateformes identifiées se définissent par le regroupement sur un même site des équipements et des moyens humains destinés à offrir à une communauté d’utilisateurs des ressources technologiques de haut niveau. L’ouverture aux équipes extérieures au site, les moyens humains, le système de gestion, l’innovation technologique et la formation font partie des caractéristiques nécessaires à la labellisation plateforme IBISA.

MOYENS -EQUIPEMENTS

  • Conservatoire des sols (100m2) :
  • Espace de cryocongélation pour 18.000 sols (14.000 sont actuellement conservés)
  • Matériel de terrain (GPS, tarrière, …)
  • Matériels de préparation des sols (lyophilisateur, tamis, …)
  • Laboratoires d’analyses et de développements moléculaires (300m²)
    • Matériel d’extraction d’ADN de sols (FastPrep-24, Agitateur Retsch MM200)
    • Matériel de paillasse pour la purification et quantification ADN
    • Equipements ADN analytique :
      • 1  PCR quantitative StepOne plus
      • 1 séquenceur genotypeur type LiCor
      • 1 lecteur de plaque TECAN
      • 1 ultra centrifugeuse SORVALL
  •  Système d’information environnementale :
    •  1 serveur de stockage  (12To) mis en service en 2012
    •  1 serveur d’application
    •  1 serveur de calcul (32 cœurs) acheté en 2009
    • Achat prévu en 2016 d’un nouveau serveur de calcul
    • Pipeline dédié à l’analyse des données métagénomiques par amplification des marqueurs taxonomiques 16S et 18S (OTU clustering et calcul des indices de diversité)
    • Base de données MicroSol

CONDITIONS D'ACCES

La plateforme GenoSol fonctionne majoritairement en mode projet avec une implication de son équipe mais peut aussi accueillir dans ses locaux et mettre à disposition le matériel de la plateforme. Tout nouveau partenaire doit signer la charte GenoSol afin de s’engager à respecter les modes d’utilisation et de valorisation de la plateforme.

PRINCIPAUX PROGRAMMES

  • TAXOMIC-RMQS (ADEME, ANR, CRBourgogne) : biogéographie microbienne
  • DIMIMOS : lien diversité microbienne – fonctionnement biologique des sols (ANR Systerra)
  • FAM-ARVALIS : évaluation environnementale des pratiques agricoles
  • EcoFinder (Eu) : lien diversité biologique des sols – services éco systémiques
  • RESACOR : (ANR CES, INRA Versailles) évaluation des cultures énergétiques nouvelle génération
  • PATHO-RMQS (UMR CNRS LEM, Lyon, ANR CES) : distribution spatiale des pathogènes des sols
  • ADVHERB (UMR BGA, ANR, CRB) : évaluation environnementale des pratiques et systèmes agricoles
  • Stress-diveco (méta programme INRA MEM, Bioemco) : impact changement climatique sur la diversité microbienne et le fonctionnement biologique de sols
  • SOFIA (UMR Agroimpact Laon, ANR) : lien diversité service écosystémeitique dans les sols agricoles (cycle C et N)
  • MOSAIC (UMR SAS Rennes, ANR) : évaluation des pratiques agricoles à différentes échelles

 

EXEMPLE DE DISPOSITIFS MIS EN CONSERVATION

  • RMQS
  • SOERE ACBB (www.soere-acbb.com/)
  • SOERE PRO (https://www6.versailles-grignon.inra.fr/ecosys/Recherche/Poles-scientifiques/Pole-Science-du-Sol/1-PRO/Observatoire-SOERE-PRO)

ACTEURS

  • Samuel MONDY, Responsable de la plateforme
  • Céline FAIVRE-PRIMOT, Responsable Conservatoire,
  • Mélanie LELIEVRE, Responsable Laboratoires d’analyses et de développements moléculaires
  • Julie TRIPIED, Assistant Ingénieur en charge du déploiement du LIMS (CDD)

SITE INTERNET

http://www.dijon.inra.fr/plateforme_genosol